猎豹移动安全专家李铁军告诉记者，苹果刚刚开始做指纹支付的时候，确实曾被黑客攻克过。不过，伪造他人指纹在异地支付难度却很大，因为指纹验证只是其中一个验证方式，支付系统同时还会验证其他信息。“但是，业内人士普遍担心的一个问题是：如果这套系统最终被攻克，导致大面积的指纹信息泄露怎么办？密码被盗了，还可以改，但指纹改不了。所以方便的同时，潜在的风险也是业内人士非常关心的，新型支付在安全和方便之间需要一种平衡。”
微信方面强调，微信支付的服务器上不会存储用户真实的指纹信息，因此不存在因服务器被攻击导致大量用户指纹泄露的可能。而苹果方面此前也表示，TouchID技术并不会将用户的指纹信息外泄，也不会上传至iCloud云服务，用户的指纹信息是被存储在A7处理器的某个特定位置，在需要确认用户信息的时候才会被调用，就算窃贼能够得到iPhone5S的A7处理器，复制或读取用户的指纹信息也是一件困难的事。
对于指纹支付本身的安全问题，微信团队称，微信对所有交易都有实时的风控模型和判断机制，对于一些可疑的情况，会禁用指纹支付或要求输入支付密码、短信验证码等方式来规避交易风险。
至于可能发生的手指受伤、脱皮、空气湿度大等物理条件导致指纹无法识别的情况，微信用户可选择快速切换至密码支付。