2013年，苹果在发布会上正式介绍了TouchID指纹传感器，用户通过设置在苹果手机的HOME键录入指纹，就可用指纹解锁甚至支付。此后攻破TouchID吊起了不少安全人士的胃口。来自德国的安全团体ChaosComputerClub就使用高分辨率的指纹图片来攻破TouchID以实现解锁设备，他们还称，绕过TouchID的难度比绕过其他指纹传感器高不了多少，因为iPhone5S只不过是采用了高分辨率的解决方案而已。他们认为指纹不足以成为一种安全的认证方法。此外，还有安全人士用戴复制指纹后的指套来进行解锁，也发现了指纹功能的破绽。
苹果的新闻发言人也承认，TouchID并非完美无暇，在手指出汗或者湿润的情况下可能会失灵，如果拇指在某些外科手术之后留下伤疤，TouchID功能可能也不会正常识别指纹。
对于指纹支付的安全性，苹果称，已在iPhone5S中加装了安全防护和备份系统，用户需要设置一个密码来启用指纹识别功能；其次，为了防止不法之徒跳过安全措施，在iPhone5S重新启动或者48小时保持锁定状态后，用户只能通过该密码来解锁。